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鸡miR-200a 靶基因的生物信息学分析及验证

来源:未知 人气: 发布时间:2016-11-15
摘要:蒋可人,孙桂荣※,张 蒙,蒋瑞瑞,李国喜,韩瑞丽,李转见,王彦彬,康相涛 (河南农业大学,河南郑州 450002) 引言 MicroRNAs 是一类内源性的非编码小RNA 分子,通过与靶基因mRNA 的3UTR 区结合调控基因的表达、参与机体重要生物学过程。已有研究发现miR-
蒋可人,孙桂荣※,张 蒙,蒋瑞瑞,李国喜,韩瑞丽,李转见,王彦彬,康相涛
(河南农业大学,河南郑州 450002)
引言
MicroRNAs 是一类内源性的非编码小RNA 分子,通过与靶基因mRNA 的3'UTR 区结合调控基因的表达、参与机体重要生物学过程。已有研究发现miR-200b 参与调控哺乳动物体型大小和小鼠胚胎发育过程,而同为miR-200 家族成员的miR-200a 在鸡上的功能仍未知。为研究鸡miR-200a 的功能,本研究对miR-200a 的靶基因进行预测和初步鉴定。
材料与方法
利用TargetScan 软件预测miR-200a 的靶基因,并在DAVID 数据库进行GO 和KEGG 富集分析,根据分析结果选择GRB2(growth factor receptor-bound protein 2)和ZEB1(zinc finger E-box-binding protein 1)基因为潜在靶基因,分别构建野生型和突变型双荧光报告载体psiCHECK2-GRB2-3'UTR 和psiCHECK2-ZEB1-3'UTR,同时构建miR-200a 真核表达载体pcDNA3.1-miR-200a,将双荧光报告载体同miR-200a 真核表达载体共转染DF1 细胞系,通过双荧光素酶报告系统验证二者的靶向关系。
结果与讨论
预测得到100 个miR-200a 靶基因,显著富集于胚胎形态发生、蛋白组装调控、脂肪酸代谢等生物学过程和GnRH、ErbB、细胞周期等通路,基因GRB2 显著富集于MAPK 信号通路,ZEB1 显著富集于骨骼系统发育过程,MAPK 是胚胎调控、细胞分化、分裂增殖以及细胞凋亡的重要参与元件,GnRH通过刺激或抑制垂体促性腺激素的分泌参与动物的生殖调控。荧光素酶分析结果显示,野生型ZEB1、GRB2 分别和miR-200a 共转染后荧光素酶活性均显著低于对照组,突变型ZEB1,GRB2 分别和miR-200a共转染后荧光素酶活性得以恢复,初步确定ZEB1、GRB2 均为miR-200a 的靶基因。
参考文献
[1] 任红艳, 刘楠, 陶聪, et al. 小鼠体型控制相关microRNA-200b(miR-200b)的表达谱及靶标分析 [J]. 农业生物技术学报, 2013, 01): 47-54.
[2] 任红艳. 小鼠miR-200 家族在体型控制和脂肪形成中的功能研究 [D]; 中国农业科学院, 2012.
[3] Pearson G, Robinson F, Beers Gibson T, et al. Mitogen-activated protein (MAP) kinase pathways: regulation and physiological functions 1 [J]. Endocrine reviews, 2001, 22(2): 153-183.
责任编辑:一叶知秋