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白羽肉鸡高低脂双向选择系群体表型数据库(NCPD)的构建及其应用

来源:未知 人气: 发布时间:2016-11-15
摘要:李 敏,李 辉※,梁 浩,董翔宇 (东北农业大学,黑龙江哈尔滨 150030) 引言 自1996 年起,东北农业大学白羽肉鸡高、低脂双向选择系群体(NEAUHLF)一直以腹脂率和血浆极低密度脂蛋白作为选择性状和育种依据,已开展近20 年的选育低脂白羽肉鸡的研究工作。
李 敏,李 辉※,梁 浩,董翔宇
(东北农业大学,黑龙江哈尔滨 150030)
引言
自1996 年起,东北农业大学白羽肉鸡高、低脂双向选择系群体(NEAUHLF)一直以腹脂率和血浆极低密度脂蛋白作为选择性状和育种依据,已开展近20 年的选育低脂白羽肉鸡的研究工作。本研究建立的数据库管理系统(The NEAUHLF Chicken Phenome Database,NCPD)信息涉及:各世代系谱信息;29 项表型指标数据,涵盖鸡生长、体组成信息,屠体性状和繁殖性能信息,分子遗传标记信息;与脂肪生成相关的40 余种候选基因遗传标记和功能信息等。NCPD 数据库系统可用于管理和扩充表型数据、基因型数据等遗传信息,有利于进一步开展低脂肉鸡品系的遗传基础研究和育种实践工作。
材料与方法
实验材料:NEAUHLF;数据:1~19 世代所有表型数据实验记录;本地环境搭建:WEB 服务器选择Apache;Windows 环境下安装MySQL 数据库,并搭载数据库管理工具Navicat;安装PHP 组件及相应的环境配置。
结果
数据库主界面涉及数据库各部分基本结构的索引按钮,并包括数据库具体组成及功能介绍。NCPD主要分为三个组成模块:第一模块,表型数据存储(phenotype),即数据物理存储空间,可实现数据指标选定、数据阈值条件划定,表型数据条件筛选;第二模块,表型数据基本特征值计算(statistical computing),即实现原始录入表型数据基本描述统计量的计算;第三模块,遗传参数(genetic parameter),即实现遗传力等相关遗传参数运算。
讨论
本研究针对遗传力等遗传参数的计算,将进一步比较和评定不同遗传力计算模型的结果,分析其对各世代遗传群体结构和数据分布的针对性和适用性。下一步工作将重点关注基因组测序、功能基因组学数据的整合和系统分析研究,扩大和丰富数据库的功能范围,致力于将数据库系统与育种实践相结合,更好服务于育种实践工作。
参考文献(略)
责任编辑:一叶知秋